基原の項における原動植物の記載については、一つの生薬に数種の基原がある場合は、なるべく全種名を記載するのが望ましいが、主な種名を記載し、その後にその他のものを「その他同属----」、「その他近縁----」などという一括表現で記載していることを、ここでは示している。かなりあいまいさを残した表現にもかかわらず一括表現せざるをえないのは、やたらと多数の種名を列記するのをさけるため、また植物学上又は生薬学上不確定な種名（学名）を示すのは好ましくないという事情もある。実際面では不確実な種とはいえ通常品がその種から現実に供給されていることも無視できないからである。
　「その他同属----」に関連しては次のことに留意する必要がある。基原が同属であっても生薬としては別（類似であることは確かだが）であるケースは多い。次にその実例を示す。この場合は系統分類学的には別系統である（つまり種分化の観点から近縁ではない）ことが多い。局方において基原が「その他近縁---」と記載されているのは、動物基原のユウタンのみである。系統分類学に精通していないと近縁性を理解するのは困難である。

１．同属基原で使用部位の異なるもの

オウギ　Astragali Radix

Astragalus membranaceusまたはA. mongholicus の根

 

トラガント　Tragacantha

Astragalus gummiferまたはその他同属植物の幹の分泌物

　低分子成分ではサポニンで共通するものがあるなど似るところもあるが、多糖体の有無がもっとも大きな相違点で、用途も全く異なる。

キジツ　Auranntii Fructus Immaturus

ダイダイCitrus aurantium var. daidai又はナツミカンC. natsudaidaiの未熟果実

 

チンピ　Aurantii Nobilis Pericarpium

ウンシュウミカンC. unshiu又はC. reticulataの成熟果皮

 

トウヒ　Aurantii Pericarpium

Citrus aurantium又はダイダイ C. aurantium var. daidaiの成熟果皮

　成分的にはいずれも精油、フラボノイドなどを主成分として類似し、薬理的にはほとんど同じと考えられる。トウヒは芳香苦味健胃薬として使われるが、キジツ、チンピは主に漢方薬として用いられる。

ケツメイシ　Cassiae Semen

エビスグサ Cassia obtusifolia 又はC. tora の種子

 

センナ　Sennae Folium

Cassia angustifolia又はC. acutifoliaの葉

　成分的にはかなり異なるが、ともにアントラキノン及び類縁体を含み、用途も緩下剤として使われるなど共通点がある。センナはビアントラキノン誘導体であるセンノシドを含むが、ケツメイシはこれを含まない。最近の分類学ではSenna属とする。

シャクヤク　Paeoniae Radix

シャクヤク Paeonia lactifoliaの根

 

ボタンピ　Moutan Cortex

ボタン Paeonia suffruticosa (Paeonia moutan)の根皮

　成分的にかなりの相違があり、用途の上でも共通点はない。ともに漢方薬でシャクヤクは鎮痙薬、ボタンピは駆お血薬として使われる。

２．同属基原で使用部位を同じくするもの

オンジ　Polygalae Radix

イトヒメハギ Polygala tenuifoliaの根

 

セネガ　Senegae Radix

セネガ Polygala senega又はヒロハセネガ P. senega var. latifoliaの根

　オンジは中国原産、セネガは北米原産と、それぞれの産地は地理的に遠隔にもかかわらず、構造の類似したサポニンを含有し、一部は共通する。ともに去痰薬として使われる。

キョウニン　Armeniacae Semen

ホンアンズPrunus armeniaca又はアンズ P. armeniaca var. ansuの種子

 

トウニン　Persicae Semen

モモ Prunus persica又はPrunus persica  var. davidianaの種子

　含量を問題にしなければ成分的にはそれほど差はない（青酸配糖体を含む）が、漢方における用途が全く異なる。キョウニンは鎮咳、去痰薬、トウニンは駆お血薬として用いられる。

ゲンチアナ　Gentianae Radix

Gentiana luteaの根

 

リュウタン　Gentianae Scabrae Radix

トウリンドウ Gentiana scabra, G. manshurica又はG. trifloraの根および根茎

　ともに成分的にはかなり類似する。ゲンチアナは苦味健胃薬として用いるが、リュウタンは漢方に於いて健胃の目的で用いることはなく、文化的な相違が大きい。

コウジン　Ginseng Radix Rubra

オタネニンジンPanax ginseng (P. schinseng)の蒸した根

 

ニンジン　Ginseng Radix

オタネニンジンPanax ginseng (P. schinseng)の根

 

チクセツニンジン　Panacis japonici　 Rhizoma

トチバニンジン Panax japonicusの根茎

　コウジン、ニンジンは加工法の違いのみで、基原は全く同じで漢方における用法はほとんど同じである。一方、チクセツニンジンは健胃、去痰薬として用いられ、時に漢方処方においてニンジンの代用とすることもあるが、本来の用法ではない。成分的にはサポニンを含有するが、構造にかなりの差異が見られる。

ソウジュツ　Atractylodis Lanceae Rhizoma

ホソバオケラAtractylodes lancea またはA. chinenseの根茎

 

ビャクジュツ　Atractylodis Rhizoma

オケラ Atractylodes japonicaまたはオオバナオケラA. ovataの根茎

　ともに漢方薬で、成分的にはかなり異なる。中国ではソウジュツとビャクジュツの用途はかなりの相違があるが、日本では区別しないことが多く、時に両方を配合することもある。

トウキ　Angelicae Radix

トウキAngelica acutilobaまたはホッカイトウキA. acutiloba var. sugiyamaeの根

 

ビャクシ　Angelicae Dahuricae Radix

ヨロイグサ Angelica dahuricaの根

　トウキはフタリド、ビャクシはクマリンを主成分とするなど、成分的にはかなり異なり、漢方における用法も異にする。