生薬は天産物であるので乾燥、貯蔵が不良であれば容易にかびを生じ、また虫害も受けやすい。しかし、このような汚損を受けた場合、汚損部分の除去は事実上困難であるといわざるをえない。したがって、このような汚損を受けないよう貯蔵及び取り扱いに注意を払わねばならない。ただし、基原の非薬用部分及びその他固形異物など、除去可能なものは選別作業時にできるだけ除去する。生薬試験法では純度試験の異物によりその許容範囲を設定する。