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　種子と花の相関は既に述べた通りである。種子は動物では卵子に相当する胚珠はいしゅが受精、成熟したものである。種子が発芽して幼植物になるの胚はいといわれる組織で、子葉しよう、胚軸はいじく、幼根ようこんからなる部分である。したがって、その形状、種子内の位置は植物の分類で重要である。胚乳はいにゅうは発芽時の養分を貯蔵したもので、外がい胚乳はいにゅうと内ない胚乳はいにゅうからなる。種子の中には胚乳をもたず子葉の部分に養分を貯蔵する種子もあり、これを無む胚乳はいにゅう種子しゅしといい、胚乳をもつものを有ゆう胚乳はいにゅう種子しゅしという。種皮しゅひは種子の外面を包む層であるが、中には胚珠本体以外の部分が発達して膜状に種子を覆っていることがある。これを仮かり種皮しゅひとして区別し、ニシキギの仲間の種子に見られる。（→ツルマサキ参照）