いわゆる「健康食品」と称するものは法令上の明確な基準のないことは別ページで述べた（→こちら参照）。しかし、平成13年4月から食薬区分の判定基準が改定された（→こちら参照）のに伴い、新たに「保健機能食品」が定められた。これは「病気の改善、予防のために摂取する食品」であるが、その根拠となる科学的データを提出し認可を受ける必要のある特定保健用食品と、特定の栄養成分（ビタミン類、カルシウム、鉄分など）を一定量含んでいれば認可を受けなくても販売できる栄養機能食品とに大別される。行政サイドから見れば、前者は個別認可型、後者は規格基準型の保健機能食品ということができる。これらは摂取により当該保健の目的が期待できる旨の表示ができることになった。例えば、特定保健用食品では血圧を正常に保つことを助けるとか、便通をよくするなどの表現を用いて効能を標榜できる。一方、栄養機能食品では、これとは異なる表現法、例えばカルシウム強化型の食品では「カルシウムは骨や歯の形成に必要な栄養素です」といった風に表示ができる。現在では、相変わらず健康食品という言葉も用いられるが、一定の保健目的の表示ができるもの、すなわち特定保健用食品、栄養機能食品と、表示のできないその他のものを明確に区別する必要がある。わが国でサプリメントと称して販売される外国産のものはほとんどが後者であり、中には近年ダイエットサプリメントとして主に通信販売されるエフェドラ（漢方薬として用いられるマオウと同じ植物を基原とする）のように「食薬区分」上問題の多いものがあることに留意する必要がある。