分子内に窒素原子をもつ二次代謝物で塩基性を示すものをアルカロイドと称するが、窒素の由来により真正アルカロイドとプソイドアルカロイドに大別される。真正アルカロイドとはある種のアミノ酸の脱炭酸によって生じるアミンが前駆体となってできるものをいう。一方、プソイドアルカロイドとは窒素を含む塩基性成分ではあるが炭素骨格がアミノ酸に由来せず、他の生合成経路で生成したものにアンモニア性窒素が導入したと考えられるものをいい、生合成の観点からは別経路のものであり本項目に該当しない。二次代謝物の中には特殊なアミノ酸、例えばニコチン酸(Nicotinic acid)、アントラニル酸(Anthranylic acid)に由来するものがあり、これらは代謝経路の上では脱炭酸しない。これらは上述の真正アルカロイドとは異なるので、別に不完全アルカロイドと定義する意見もある。アルカロイドの生合成前駆体として使われるアミノ酸には次のものがある。